Zasady organizacji magazynu dotyczą przede wszystkim sposobów zarządzania przepływem towarów oraz przede wszystkim ich składowaniem. Wiele przedsiębiorstw zajmujących się logistyką magazynową skupia swoje działania na zasadzie usprawnienia przepływu towarów pomiędzy pojawieniem się ich w sektorze magazynowania a odbiorem załadunku przy eksporcie.